piRNA芯片-康成生物丨数谱生物

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          1. piRNA芯片

            • 简介
            • 实验流程
            • SCI成果
            •        piRNA(Piwi-interacting RNA)是从哺乳动物生殖细胞中分离得到的一类非编码小RNA。成熟的piRNA是一类长约26-32nt的单链小RNA分子。在小鼠睾丸内只存在几百种不同的miRNA,而piRNA却至少有5万种。piRNA即使在近缘物种之间保守性也很差,在长度、表达类型和基因结构上则与microRNA截然不同。


              Arraystar piRNA芯片

                     Arraystar的科学家已经研制了针对人、小鼠和大鼠的piRNA芯片,可以对piRNA的总体表达情况进行检测。三个物种的piRNA序列都来自NCBI数据库,并且使用UCSC Blat技术在HG19, MM9和RN4数据库中分别进行染色体定位(map)。我们采用恰当的策略来挑选探针,然后使用双重方法(duplex method)设计60 mer的反义寡核苷酸探针。使用我们专有的piRNA芯片(表1),我们将提供从样品准备到全面数据分析的综合服务。


              芯片名称 物种 数据库 规格 检测piRNA数
              Arraystar Human piRNA Array Human HG19 4x44K 23,677
              Arraystar Mouse piRNA Array Mouse MM9 4x44K 43,537
              Arraystar Rat piRNA Array Rat RN4 4×44K 39,727
            • 1.样品RNA抽提

                     a.实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,使用BioPulverizerTM冰冻粉碎组织,加1ml的RNA抽提试剂TRIzol(Invitrogen),使用Mini-Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。
                     b.实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,加1ml RNA抽提试剂TRIzol(样品为贴壁细胞,每10cm2培养皿TRIzol使用量为1ml),裂解后抽提RNA。

              2. RNA质量检测

                     a.使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。

                     b.用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳,检测RNA纯度及完整性。

                     c.提供RNA QC报告。

                     注意:用于芯片检测的RNA样品,必须是高质量的,完整的,没有RNase污染(降解的样品不能用于标记和芯片检测),没有基因组污染。

              3.制备荧光标记探针

                     使用Arraystar标记试剂盒荧光标记piRNA

              4.芯片杂交

                     在标准条件下使用杂交仪将标记好的探针和Arraystar piRNA芯片杂交。

              5.图像采集和数据分析

                     使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。

              6.提供实验报告——包括详细的实验方法和芯片实验数据及图表

                     a.芯片扫描图

                     b.操作说明(含RNA质检报告)

                     c.芯片数据

                     数据汇总表格(EXCEL格式,包含探针位置,探针名称,原始信号值,修正信号值,标准化信号 值,样品间piRNA表达量的比值)

                     差异表达piRNA的数据表格(EXCEL格式,包含表达上调2倍的piRNA和表达下调2倍的piRNA)

                     d.进一步数据分析

                     Scatter Plot(主要针对单色重复实验数据进行相关性R值计算)

                     分层聚类(进行多个样品实验时,按基因表达相似程度进行聚类,从而将多个样品进行归类)

                     若进行重复实验(≥3)则计算CV值、p值,并做Volcano Plot

            • → PIWIL3/OIP5-AS1/miR-367-3p/CEBPA feedback loop regulates the biological behavior of glioma cells. Theranostics. 2018

              → Roles of piRNAs in microcystin-leucine-arginine (MC-LR) induced reproductive toxicity in testis on male offspring.  Food and Chemical Toxicology. 2017



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